С 1942 года на фронтах Великой Отечественной войны. Службу проходил в составе 23 стрелковой дивизии(1 марта 1943 года дивизия преобразована в 71 гв. сд.), 71 гвардейской стрелковой Харьковско-Витебской ордена Ленина Краснознаменной дивизии, ГСУ. В Отечественной войне на фронте начал службу в должности младшего врача в полковом медицинском пункте на Северо-Западном фронте. Под Сталинградом военврач третьего ранга В.С. Сухобоков был контужен от рядом разорвавшейся бомбы, последствия контузии давали о себе знать всю оставшуюся жизнь. Участвовал в битве на Курской дуге. После было освобождение Прибалтики, в должности старшего врача полка всю зиму обслуживал отдельный лыжный батальон. Батальон участвовал в уничтожении Либавской группировки противника. В 1947 года вышел в отставку майором запаса.
За боевые заслуги награжден орденами Отечественной войны I (два раза) и II степени и медалями "За оборону Сталинграда", "За победу над Германией".
Боевой эпизод
В феврале 1945 года награжден Орденом Отечественной войны II степени за то, что гвардии капитан медицинской службы В.С. Сухобоков, старший врач 210 полка 71 гв. сд во время прорыва немецкой обороны 5 октября 1944 года в Литовской ССР и стремительному наступлению, в сложной обстановке и полевых условиях умело организовал работу по выносу раненых с поля боя, оказанию медицинской помощи, обработке их ран в санчасти и эвакуации в медсанбат. Под его непосредственным наблюдением с 5.10. по 1.11.1944 года обработано 365 раненых бойцов и командиров, из них 45 тяжело раненых, обработку ран которых производил лично сам, благодаря его умениям 8 исключительно тяжелых раненых были спасены и многие раненые вернуться в строй.
После армии вернулся в Трубчевск. Прошел специализацию в областной больнице и Центральном институте усовершенствования врачей в Москве и стал первым в Трубчевске врачом - рентгенологом. В послевоенные годы впервые в Трубчевске применял поддувание больным туберкулезом. Исполнял обязанности врача фтизиатра. Часто нарушал вдвое нормы для врача - ренгенолога по количеству больных. В одном из интервью он, так обосновывал нарушения:
Как можно было отказывать, если больной нуждался в моей помощи! - отвечает Владимир Семенович на мой вопрос, зачем он рисковал своим здоровьем. - Я все отдаю людям!
Во время работы в больнице обострилась серьезную болезнь, но после операции Владимир Семенович продолжил работать врачом. Проработал заведующим отделением и рентгенологом более 30 лет. После продолжительной болезни Владимир Семёнович Сухобоков инвалид Великой Отечественной войны скончался 19 мая 1989 года. За трудовые заслуги награжден Ленинской юбилейной медалью и значком "Отличник здравоохранения". Многократно награждался Почетными грамотами Брянского обкома КПСС, исполкома областного Совета депутатов трудящихся, Трубчевским райкомом КПСС, администрации, партийного бюро и РК союза медработников.