Первый космический полет Юрий Малышев совершил с 5 по 9 июня 1980 года в качестве командира корабля «Союз Т-2», вместе с Владимиром Викторовичем Аксеновым. Провел первые испытания в пилотируемом режиме корабля «Союз-Т». Продолжительность полета составила: 3 суток 22 часа 19 минут 30 секунд. В том же 1980 году Малышев посетил родной Николаевск, передал первые вещи для создания музея, в том числе, свой летный костюм. Правда, с одной перчаткой. Есть такая традиция у космонавтов. Командир экипажа, который благополучно слетал в космос и вернулся обратно на землю, передает свою перчатку на удачу следующему экипажу.
С 1 сентября 1983 по 15 марта 1984 года Юрий Васильевич проходил подготовку в качестве командира основного советско-индийского экипажа по программе экспедиции посещения ДОС «Салют-7», вместе с Геннадием Стрекаловым и Ракешем Шармой (первый индийский космонавт).
Второй космический полет Юрий Малышев совершил с 3 по 11 апреля 1984 года, в качестве командира корабля «Союз Т-11» и орбитальном научно-исследовательском комплексе «Салют-7». Продолжительность полета составила: 7 суток 21 час 40 минут 6 секунд. C сентября 1985 по июнь 1987 года проходил подготовку в составе группы по программе космонавта-спасателя. Прошел курс подготовки к выполнению космического полета на корабле «Союз ТМ» в одиночку для проведения спасательных работ и эвакуации экипажа с орбитальной станции в случае необходимости.
Юрий Васильевич 20 июля 1988 года отчислен из отряда космонавтов по состоянию здоровья. С 20 июля 1988 года служил начальником отдела Центра подготовки космонавтов имени Юрия Алексеевича Гагарина. Уволен из Вооруженных сил в запас по возрасту 31 октября 1992 года в звании «полковник».
Юрий Васильевич Малышев скоропостижно скончался 8 ноября 1999 года в результате заражения крови от раны, полученной случайно на даче.
На родине единственного летчика-космонавта уроженца Волгоградской области открыт большой музей.
По материалам интернет-ресурсов